Distrusă din temelie şi pustiită de către tătari în 1510 şi 1512 şi apoi în 1538 de către turcii lui Soliman Magnificul, ea nu a mai putut fi reconstruită.
Revenit pe tronul Moldovei în anul 1541, domnitorul Petru Rareş (1527-1538, 1541-1546) a hotărât, la îndemnul mitropolitului Grigorie Roşca, să construiască în apropiere, pe un deal aflat dincolo de râul Râşca o altă mănăstire, unde să mute întreaga obşte de la Bogdăneşti.
Domnitorul a dat bani episcopului de Roman, Macarie (cronicarul), după cum reiese dintr-o traducere târzie a pisaniei, să zidească o nouă biserică în stilul obişnuit al epocii.
Înnoindu-se întreaga mănăstire de către Petru Rareş şi de episcopul Macarie de Roman cu numele de "Mănăstirea Râşca", în anii 1540-1542, a fost rânduit egumen Cuviosul Silvan, căci era duhovnic vestit şi sporit în fapte bune. Până în vara anului 1542, egumenul Silvan s-a îngrijit de zidirea bisericilor şi a chiliilor. Apoi, adunând în jurul său peste 30 de călugări, a întemeiat o aleasă obşte monahală cu duhovnici buni şi cu călugări caligrafi aduşi din Mănăstirea Neamţ.
Rânduiala mănăstirii era aceeaşi ca şi în celelalte mănăstiri din Moldova. Utrenia la miezul nopţii, Sfânta Liturghie zilnică, spovedania şi împărtăşirea cu Trupul şi cu Sângele lui Hristos la trei săptămâni, masa o dată pe zi, afară de zilele de sărbătoare, şi ascultare în desăvârşită dragoste, cu rugăciunea lui Iisus.
Cuviosul Silvan încuraja, de asemenea, viaţa pustnicească din munţii Râşcăi, unde, cu secole în urmă, se nevoiseră sihastri sfinţi. El trimitea cele de nevoie cuvioşilor din pustie şi îi cerceta duhovniceşte, iar pe cei iubitori de linişte îi lăsa să se retragă în singurătate.
Aşa nevoindu-se Cuviosul Silvan, în anul 1548 s-a retras din egumenie şi s-a făcut schimonah. Apoi, mai trăind până în anul 1579 şi bineplăcând lui Dumnezeu, s-a mutat la cele veşnice, lăsând în urmă numeroşi fii duhovniceşti. (sursa: „Patericul Românesc”, Arhimandrit Ioanichie Bălan, Ed. Mănăstirii Sihăstria, 2011; https://doxologia.ro)